La ville connut un premier raid des armées arabes en 688- h, du temps de Zuheïr ibn Qaïss Al Balawi, sa conquête définitive semble acquise à la fin des campagnes de Moussa ibn Noussayr.
Islamisée mais insoumise Chaqbanariya sera en 788 l’ultime carré de résistance des Berbères Kharéjites soufrites du nord, conduits par Salah Ibn Noussayr En-Nafzi et la Phalange des grands doctrinaires, où ils seront défaits devant chef des armées de Yazid. La ville, célèbre pour sa Qalaâ (forteresse), fut mêlée néanmoins à plusieurs événements importants comme la chute des Aghalabides en 909, la révolte d’Abi Yazid en et les guerres civiles entre Badis et son oncle Hammad .
Siège de gouverneur à l’époque ziride la ville se déclara autonome au XIe, lors de l’invasion des tribus arabe des Béni Hillal. Les Almohavides la récupèrent des mains de ces seigneurs, les Klaâ en 1159, elle connut en 1181 les incursions de l’Arménien Qaraqouch, relayé par le Morabit Majorquin Ibn Ghaniya qui réussit en 1204 à la faire rentrer sous son autorité après un premier échec en 1200, ce fut la dernière fois où l’on évoquait la Qalaâ de Chaqbanariya.

El-Kef centre des ‘Arouch Es- Senjaq et métropole confrérique

Fief autonome de la tribu arabe des Muhalhil, les Béni Channouf, au moment de la décomposition du pouvoir Hafside, Chaqbanariya, devenue au cours du XVIe El-Kef, sera reprise, à la fin du XVIe, par les Othomans de Tunis pour en faire un important point d’appui pour contenir les tribus autonomes de la région et recréer le territoire national. On y construit déjà, dés 1600, un premier fort, des conflits frontaliers avec le voisin algérien en 1614 et 1628 allaient mettre en valeur la position forte du Kef.
On y installa dés 1637 une garnison permanente (oujaq) appuyée par des tribus supplétives (makhzen), elle devint un véritable bastion avancé de la Régence de Tunis face à l’ouest. El-Kef connaîtra, à partir du XVIIe et sous l’ombre de cette nouvelle paix, un essor économique, urbain et culturel remarquable, son rôle religieux sera encore mieux souligné par la fondation d’ordres confrériques et maraboutiques. Sa vocation défensive restera néanmoins prédominante, elle sera l’enjeu des différents conflits armés qui marquèrent la fin du XVIIe et le début du XVIIIe entre prétendants mouradites et Algériens et entre Ibrahim Chérif et ces derniers.
Ces multiples conflits allaient amener au pouvoir une nouvelle famille régnante originaire du Kef, celle des fils du Grec Ali Turki, originaire de Candie et commandant de la place et des njou’a arabes du Kef, Husseïn, Mhamed et son fils Ali Bacha, ainsi que le frère maternel de Husseïn, Ameur Bey, El-Kef est connu comme la ville du trône (Bled el-kursi). La place forte du Kef demeura le principal théâtre et enjeu des longs conflits qui opposèrent, dans la première moitié du XVIIIe, les partisans de Husseïn bin Ali et ceux de son neveu Ali Bacha, querelles attisées par les interventions armées des Turcs d’Alger. Ali Bacha renforçait considérablement les fortifications du Kef et la ceinturait de remparts, dés 1740. La dernière campagne de 1756 verra toutefois la destruction de la ville et son désarmement. Ce n’est que qu’au début du XIXe que Hamouda Bacha, décidé à s’affranchir de la tutelle d’Alger, réhabilita la place du Kef et relèvera de nouveau ses fortifications.
Celles-ci permirent de nouveau, à côté de la participation active des principaux chefs religieux de la ville et du ralliement des tribus frontalières de remporter d’écrasantes victoires sur Alger et de sauvegarder l’intégrité du territoire de la Régence de Tunis et son indépendance. La ville allait s’imposer, à partir de la fin du XVIIIe comme une véritable métropole confrérique et maraboutique, on y dénombrait à la fin du siècle dernier la plupart des grandes confréries du Maghreb telles les Aïssaouiya, les Rahmaniya, les Qadriya et plus de cent coupoles de marabouts.
El-Kef fut en 1864 au cœur de la grande insurrection des tribus ounifa de la région contre le pouvoir beylical et les exactions des Mamlouks de la cour, même si les chefs religieux de la ville tentèrent d’y jouer un rôle modérateur, la ville et sa région connaîtront une répression aveugle. Les calamités de 1867 finiront par précipiter la ville dans le gouffre, celle-ci connaître un déclin urbain et démographique fatal achevé par l’occupation militaire française de 1881 où les chefs religieux, le gouverneur et la population de la ville étaient départagés entre la modération et la résistance armée. Certains notables ralliés par le fameux agent consulaire français : Bernard Roy, devaient jouer un rôle non négligeable dans la reddition pacifique de la légendaire place forte du Kef.
Place militaire française, centre de colonisation et d’exploitation minière, El-Kef fut érigé en commune dés 1884, il sera le centre administratif de la IIIe Région. La ville jouera au cours de la seconde guerre mondiale le rôle de capitale provisoire du pays demeuré hors des zones occupées par les forces de l’Axe, on avait eu même le projet d’y chercher un Bey pour remplacer Moncef Bey, destitué.
Foyer de militantisme politique, syndical au cours de la lutte nationale, El-Kef et sa région étaient également un sanctuaire de la résistance armée tunisienne et algérienne. Le leader Habib Bourguiba aimait y séjourner et s’identifia souvent à Jugurtha.
Marginalisée et victime de politiques économiques récentes la ville connaît actuellement un renouveau urbain remarquable, son patrimoine architectural, en particulier, ne cessa de bénéficier d’importants programmes de restauration et de mise en valeur, dignes de sa longue et prestigieuse histoire. La ville est en passe de devenir, outre un foyer culturel, un centre universitaire et technologique. D’importants efforts d’incitation à l’investissement privé laissent entrevoir des perspectives meilleures.